Medgene Slovensko
Metóda: | Agilent 180K Array |
Materiál: | DNA alebo EDTA- krv (3-5 ml) (DNA z choriových klkov resp. buniek plodovej vody po konzultácii/ dohode) |
Trvanie: | cca. 4 týždne |
Všeobecné informácie:
- Colotect umožňuje vyšetrenie CRC bez potreby prípravy pacienta.
- Analýze array-CGH musí predchádzať karyotypizácia pomocou klasickej cytogenetiky (heparínová krv).
- Prenatálna analýza array-CGH sa vykoná po konzultácii/porade.
- Vyvážené (balansované) štrukturálne aberácie, ako napríklad (balansované) translokácie alebo inverzie, polyploidie a mozaiky nízkej úrovne, sa vo všeobecnosti touto metódou nezaznamenávajú.
- Analýza sa vykonáva rutinne na 180K array od spoločnosti Agilent (rozlíšenie >50 kb). Nomenklatúra je v súlade s ISCN2020 (McGowan-Jordan, Hastings, Moore, ISCN2020:An International System for Human Cytogenomic Nomenclature (2020), ISBN: 978-3-318 -06706-4). Aberácie sa klasifikujú pomocou kritérií ACMG (Riggs et al. 2020; PMID: 31690835).
- Po konzultácii je možné analyzovať aCGH+SNP 180K array.
Indikačné kritéria aCGH:
- Nejasná mentálna retardácia (IQ<70).
- Oneskorený vývin.
- Podozrenia na zmeny v oblasti porúch autistického spektra.
- Funkčné poruchy resp. malformácie mozgu.
- Mnohonásobné dysmorfologické abnormality.
- Mnohonásobné vrodené malformácie.
- Spomalenie rastu alebo abnormality.
Ďalšia diagnostika aCGH:
- Na presnejšiu charakteristiku zistených nezrovnalostí klasickou cytogentickou analýzou.
- Potvrdenie familiárnych zmien (v priebehu segregačnej analýzy).
- Ako validácia iných molekulárno-genetických metód (napr. nálezov MLPA).
Indikačné kritériá pre prenatálnu array-CGH diagnostiku:
- Zvýšená nuchálna translucencia, abnormálny skríning v prvom trimestri.
- Abnormality v neinvazívnom prenatálnom testovaní (NIPT).
- Abnormality plodu na ultrazvuku.
- Cytogeneticky preukázaná chromozomálna zmena, ktorú nebolo možné podrobnejšie charakterizovať.
![MedGene Microarray](images/microarray.png)
Obr. Vyhodnotenie v softvéri Array CGH ukazuje čiastočnú monozómiu (zelená), po ktorej nasleduje intersticiálna nadhodnota (červená) chromozómu X.
Metóda:
Komparatívna genomická hybridizácia založená na mikročipoch (Array-CGH) je molekulárno- genetická metóda na detekciu strát resp. nadobudnutia chromozomálneho materiálu, ktoré sú pod hranicou rozlíšenia pomocou cytogenetickej chromozómovej analýzy. Preto sa nazýva aj molekulárna karyotypizácia. Približne rovnaké množstvá DNA pacienta a genómovej referenčnej DNA sú kohybridizované na array (čipoch). Keďže vzorky DNA pacienta a referenčnej vzorky DNA sú označené rôznymi fluorescenčnými farbivami, numerická zmena v genóme pacienta vedie k farebnému posunu vo fluorescenčnom signáli jednotlivých fragmentov prostredníctvom posunu hybridizačného pomeru. Skener detekuje fluorescenčné signály a registruje farebné posuny. Príslušným softvérom sa k signálom priradí oblasť génu a nakoniec je možné pozrieť si výsledok napr. ako „karyogram“, ktorý ukazuje zmeny na chromozóme. Ak bola chromozómovou analýzou identifikovaná štrukturálna chromozómová zmena, dá sa presnejšie charakterizovať array- CGH vyšetrením, ktoré je dôležité pre určenie prognózy.