Microarray Array-CGH

MedGene® Slovensko
Medgene Slovensko

Microarray

Metóda: Agilent 180K Array
Materiál: DNA alebo EDTA- krv (3-5 ml) (DNA z choriových klkov resp. buniek plodovej vody po konzultácii/ dohode)
Trvanie: cca. 4 týždne

Všeobecné informácie:

  • Colotect umožňuje vyšetrenie CRC bez potreby prípravy pacienta.
  • Analýze array-CGH musí predchádzať karyotypizácia pomocou klasickej cytogenetiky (heparínová krv).
  • Prenatálna analýza array-CGH sa vykoná po konzultácii/porade.
  • Vyvážené (balansované) štrukturálne aberácie, ako napríklad (balansované) translokácie alebo inverzie, polyploidie a mozaiky nízkej úrovne, sa vo všeobecnosti touto metódou nezaznamenávajú.
  • Analýza sa vykonáva rutinne na 180K array od spoločnosti Agilent (rozlíšenie >50 kb). Nomenklatúra je v súlade s ISCN2020 (McGowan-Jordan, Hastings, Moore, ISCN2020:An International System for Human Cytogenomic Nomenclature (2020), ISBN: 978-3-318 -06706-4). Aberácie sa klasifikujú pomocou kritérií ACMG (Riggs et al. 2020; PMID: 31690835).
  • Po konzultácii je možné analyzovať aCGH+SNP 180K array.

Indikačné kritéria aCGH:

  • Nejasná mentálna retardácia (IQ<70).
  • Oneskorený vývin.
  • Podozrenia na zmeny v oblasti porúch autistického spektra.
  • Funkčné poruchy resp. malformácie mozgu.
  • Mnohonásobné dysmorfologické abnormality.
  • Mnohonásobné vrodené malformácie.
  • Spomalenie rastu alebo abnormality.

Ďalšia diagnostika aCGH:

  • Na presnejšiu charakteristiku zistených nezrovnalostí klasickou cytogentickou analýzou.
  • Potvrdenie familiárnych zmien (v priebehu segregačnej analýzy).
  • Ako validácia iných molekulárno-genetických metód (napr. nálezov MLPA).

Indikačné kritériá pre prenatálnu array-CGH diagnostiku:

  • Zvýšená nuchálna translucencia, abnormálny skríning v prvom trimestri.
  • Abnormality v neinvazívnom prenatálnom testovaní (NIPT).
  • Abnormality plodu na ultrazvuku.
  • Cytogeneticky preukázaná chromozomálna zmena, ktorú nebolo možné podrobnejšie charakterizovať.
MedGene Microarray

Obr. Vyhodnotenie v softvéri Array CGH ukazuje čiastočnú monozómiu (zelená), po ktorej nasleduje intersticiálna nadhodnota (červená) chromozómu X.

Metóda:

Komparatívna genomická hybridizácia založená na mikročipoch (Array-CGH) je molekulárno- genetická metóda na detekciu strát resp. nadobudnutia chromozomálneho materiálu, ktoré sú pod hranicou rozlíšenia pomocou cytogenetickej chromozómovej analýzy. Preto sa nazýva aj molekulárna karyotypizácia. Približne rovnaké množstvá DNA pacienta a genómovej referenčnej DNA sú kohybridizované na array (čipoch). Keďže vzorky DNA pacienta a referenčnej vzorky DNA sú označené rôznymi fluorescenčnými farbivami, numerická zmena v genóme pacienta vedie k farebnému posunu vo fluorescenčnom signáli jednotlivých fragmentov prostredníctvom posunu hybridizačného pomeru. Skener detekuje fluorescenčné signály a registruje farebné posuny. Príslušným softvérom sa k signálom priradí oblasť génu a nakoniec je možné pozrieť si výsledok napr. ako „karyogram“, ktorý ukazuje zmeny na chromozóme. Ak bola chromozómovou analýzou identifikovaná štrukturálna chromozómová zmena, dá sa presnejšie charakterizovať array- CGH vyšetrením, ktoré je dôležité pre určenie prognózy.